23 đội bóng tham dự vòng loại ngày 10/6 đến ngày 30/6/2009.

• Bảng A: Chọn 2 đội vào Vòng chung kết, do Trung tâm đào tạo bóng đá Viettel làm bảng trưởng, gồm 7 đội: Trung tâm bóng đá Viettel, Hòa Phát Hà Nội, Ninh Bình, Quân khu 4, Quảng Ninh, T&T Hà Nội và Trung tâm bóng đá Hải Phòng.
• Bảng B: Chọn 1 đội vào Vòng chung kết, do Đoàn bóng đá Thừa Thiên Huế làm bảng trưởng, gồm 4 đội: Thừa Thiên Huế, Bình Định, Hà Tĩnh và SHB Đà Nẵng.
• Bảng C: Chọn 2 đội vào Vòng chung kết, do Trung tâm TDTT Thành Long làm bảng trưởng, gồm 8 đội: TPHCM, Bình Phước, Bình Thuận, CLB Việt - Hàn, Đồng Nai, Khánh Hòa, Long An và Trường NKNV Bình Dương.
• Bảng D: Chọn 1 đội vào Vòng chung kết, do Sở VHTT&DL Cà Mau nhận đăng cai làm bảng trưởng, gồm 4 đội: Cà Mau, Bến Tre, Đồng Tháp và Tiền Giang.

3 bảng A, B, D thi đấu theo thể thức vòng tròn một lượt tính điểm xếp hạng. 8 đội bảng C chia thành 2 nhóm, 4 đội/nhóm thi đấu vòng tròn một lượt, chọn 2 đội xếp thứ Nhất và Nhì mỗi nhóm vào thi đấu Bán kết, chọn 2 đội thắng bán kết được quyền tham dự Vòng chung kết. Tại vòng chung kết, 6 đội vượt qua vòng loại theo phân bổ như trên sẽ cùng 2 đội được ưu tiên miễn thi đấu vòng loại là Đương kim vô địch Sông Lam Nghệ An và chủ nhà Nam Định chia thành 2 nhóm A và B, 4 đội/nhóm thi đấu vòng tròn một lượt ở mỗi nhóm để tính điểm, xếp hạng. 2 đội Nhất, Nhì tại mỗi nhóm giành quyền thi đấu tại Bán kết theo thể thức loại trực tiếp 1 trận. Hai đội thắng bán kết được thi đấu chung kết. Hai đội thua bán kết cùng xếp thứ 3.